После того, как в 1991 году Азербайджан стал членом ОИК, он в рамках этой организации превратился в активного участника и выступает как сторонник дальнейшего укрепления отношений с Организацией Исламской Конференции, имеющих важное значение. Организация Исламской Конференции является первой международной организацией, признавшей и критиковавшей Армению как агрессора. Эта ясная и справедливая позиция ОИК по жизненно важному вопросу создала благоприятную почву для развития наших отношений с этой организацией по возрастающей линии.

Значимость сотрудничества с ОИК для Азербайджана состоит, также, в поддержке этой организацией нашей страны в армяно-азербайджанском конфликте, урегулирование которого, как известно, является приоритетной задачей внешней политики АР. В этой связи надо отметить, что азербайджанской дипломатии удалось сформировать в рамках ОИК достаточно монолитный взгляд на армяно-азербайджанский конфликт. На саммитах, конференциях министров иностранных дел и других форумах данной организации приняты три фундаментальные резолюции по этому вопросу: "Об агрессии Республики Армения против Азербайджанской Республики", "Об уничтожении исторических и культурных памятников на оккупированных в результате агрессии Республики Армения территориях Азербайджанской Республики" и "Об оказании экономической помощи Азербайджанской Республике". ОИК признает Армению агрессором, требует немедленного и безусловного освобождения оккупированных азербайджанских территорий и восстановления территориальной целостности нашей республики. Генсекретариат ОИК регулярно выступает с политическими заявлениями, поддерживающими законные права нашей страны и разоблачающими противоправные действия армян на оккупированных азербайджанских территориях. Каждый раз, когда в этом есть необходимость, Генсекретариат ОИК обращается к членам организации и дает поручения своему представителю в ООН провести соответствующую работу по поддержанию инициатив Азербайджана на сессиях Генеральной Ассамблеи и других форумах международного сообщества. Эффективность подобных инициатив была еще раз подтверждена в связи с рассмотрением на Генассамблее ООН вопроса "О положении на оккупированных азербайджанских территориях". Как известно, большинство государств, поддержавших инициативу нашей страны, были членами ОИК. Исламское информационное агентство ведет постоянную работу по распространению информационно-пропагандистских материалов по нагорно-карабахской проблематике. Составной частью нашего сотрудничества с ОИК является также оказание финансовой и гуманитарной помощи Азербайджану со стороны исламских государств и международных организаций. Многие годы наша страна поддерживает активные связи с Исламским банком развития, арабскими фондами развития и другими финансовыми структурами исламских стран, принимающими участие в реализации наших проектов социально-экономического развития. Нужно особо отметить гуманитарную помощь исламских благотворительных организаций беженцам и вынужденным переселенцам в нашей стране. Политическую и юридическо-правовую основу этой помощи составляет вышеупомянутая резолюция ОИК "Об оказании экономической помощи Азербайджанской Республике".

28 июня 2011 года решением состоявшейся в Астане 38-й сессии Совета министров иностранных дел (СМИД) Организация Исламской Конференции переименована в Организацию Исламского Сотрудничества (ОИС).

25-26 апреля 2013 года в Баку состоялась конференция министров труда ОИС. На этом собрании между странами-членами, был принят определяющий приоритеты будущего «Рамочный документ» в области труда, миграции, рабочей силы, обмена опытом и социальной защиты. По предложению Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева был создан Центр труда ОИС (OIC Labour Center).

17-18 июня 2014 года в Баку состоялось первое заседание руководящего комитета по исполнению рамочного документа по вопросам труда, занятости и социальной защиты.

20-21 октября 2014 года в Баку состоялась V международная конференция на тему «Роль женщин в развитии государств-членов Организации Исламского Сотрудничества».

27-28 мая 2015 года на 42-й сессии СМИД ОИС, проведенной в Кувейте Советом министров иностранных дел ОИС были приняты соответствующие резолюции - «Агрессия Республики Армении против Азербайджанской Республики», «Оказание экономической помощи Азербайджану» и «Разрушение и оскорбление исторического и культурного наследия, относящихся к Исламской религии в результате агрессии Республики Армения против Азербайджанской Республики на оккупированных азербайджанских землях»

10 сентября 2015 года Генеральный секретариат ОИС распространил заявление, осуждающее незаконные «выборы в органы местного самоуправления" от 13 сентября 2015 года, организуемые сепаратистским режимом, созданным на оккупированных территориях Азербайджана.

18-19 октября в 2016 года в Ташкенте состоялась 43-я сессия Совета министров иностранных дел стран-членов Организации исламского сотрудничества (СМИД ОИС).

В рамках 43-й сессии были приняты резолюции в связи с агрессией Армении в отношении Азербайджана и разрушением памятников исламской истории и культуры на оккупированных армянами территориях Азербайджана.

В резолюциях была выражена серьезная обеспокоенность в связи с оккупацией 20% земель Азербайджана в результате агрессии Армении, продолжением этой оккупации, изменением со стороны Армении физического, демографического, экономического, социального и культурного факторов, а также институциональной структуры и статуса Азербайджана, уничтожением, разграблением и присвоением частной собственности на оккупированных территориях и незаконной эксплуатацией, торговлей природных ресурсов на этих территориях.

В документе делается призыв Совбезу ООН признать Армению в качестве агрессора, и в соответствии с 7-м пунктом Устава организации, принять необходимые меры. А также содержится просьба к государствам-членам не допускать использования своей территории в качестве транзита для транспортировки в Армению оружия и военной техники. На 43-м заседании СМИД ОИС Азербайджан представлял министр иностранных дел Эльмар Мамедъяров. По итогам двухдневной работы также утверждены 118 резолюций. СМИД ОИС принял решение о проведении в 2017 году 44-й сессии СМИД ОИС в столице Кот-д‘Ивуара, — Ямусукре.