С начала 1990 года в структуре НАТО начались процессы политических и военных изменений. В июле 1990 года в Лондонском саммите была принята Лондонская Декларация об Измененном Североатлантическом Альянсе для приспособления к новым условиям безопасности, а через год в Римском саммите - новая Стратегическая концепция и декларация о Мире и сотрудничестве. Был учрежден Совет Сотрудничества Северной Атлантики (СССА), который будет направлять дальнейшее предусмотренное развитие. Первая встреча по открытию СССА была проведена 20-го декабря 1991-го года. В марте 1992 года Азербайджанская Республика присоединилась к СССА, который играл роль форума для сотрудничества и консультаций.

Обеспокоенность НАТО о сложившейся ситуации в Южно-Кавказском регионе нашло свое отражение в Декларации, принятой Советом Северной Атлантики в январе 1994 года. В декларации осуждается применение силы с целью захвата территорий и уважение территориальной целостности, независимости и суверенитета Южно-Кавказских стран характеризуется как важный элемент установления мира, стабильности и сотрудничества в регионе.

В Совете НАТО, проведенном 10-11-го января 1994 года в Брюсселе, была одобрена программа Партнерство во имя мира (ПРМ). Приглашения в программу ПРМ были отправлены всем государствам-партнерам, участвующим в СССА, а также государствам-членам ОБСЕ.

Президент Азербайджанской Республики во время своего официального визита в Бельгию 3-4-го мая 1994 года подписал Рамочный документ программы Партнерства во имя мира НАТО в штаб-квартире НАТО в Брюсселе. Тем самым Азербайджан стал 15-м государством, подписавшим программу ПРМ, предусматривающее широкомасштабное сотрудничество Азербайджана с НАТО.

В своей очередной поездке в штаб-квартиру НАТО в Брюсселе 22 апреля 1996 года Президент Гейдар Алиев встретился с Генеральным секретарем Хавьером Соланой и представил документ Презентации Азербайджанской Республики, определяющий требование и потенциал Азербайджанской Республики по сотрудничеству с НАТО в соответствии с программой ПРМ.

13-го февраля 1997 года Генеральный секретарь НАТО Хавьер Солана с двухдневным визитом впервые прибыл в Азербайджан по приглашению Президента Гейдара Алиева. Во время своей поездки Генеральный секретарь провел встречи с Президентом Г. Алиевым, с министрами иностранных дел и обороны. Он также выступил перед депутатами Милли Меджлиса о развитии связей НАТО-Азербайджан.

На весенней встрече министров СССА в Синатре 30 мая 1997 года было решено заменить СССА на Евроатлантический совет по партнерству (ЕАСП).

4-6-го ноября 1997 года в Баку был проведен подготовительный семинар командно-штабных учений под названием "Кооператив Деманд". Это было первым мероприятием, проведенным в Азербайджане в рамках НАТО/ПРМ.

14-го ноября 1997 года Президент Г. Алиев подписал приказ о дальнейшем усиленном сотрудничестве Азербайджана с НАТО.

С 30 сентября по 1 октября 1998 года Генеральный секретарь НАТО Х. Солана во второй раз прибыл с визитом в Баку. Во время визита в своих встречах с Президентом Г. Алиевым, Председателем Милли Меджлиса М. Алескеровым, Премьер-министром А. Расизаде провел переговоры вокруг вопросов Евро-Атлантики и региональной безопасности, развития связей Азербайджан-НАТО в рамках программы ПРМ.

27-28-го мая 1999 года в Баку была проведена сессия консультационной группы по политике Атлантики в рамках Евроатлантического совета по партнерству. Во время сессии экспертная группа НАТО высокого уровня во главе с заместителем Генерального секретаря НАТО по Политическим вопросам, послом К. Р. Клайбером прибыла в Азербайджан.

С сентября 1999 года функционирует рабочая группа с открытым составом по вопросам Южного Кавказа в рамках ЕАСП (Ad Hoc Group on South Caucasus).

Начиная с сентября 1999 года, миротворческая группа Азербайджанской Республики в составе Турецкого табора участвует в миротворческих операциях, проводимых в Косово.

В апреле 2000 года в Баку был проведен региональный курс по военно-гражданскому сотрудничеству как продолжение курса, проведенного в Грузии.

20-21-го июля 2000 года в Баку была проведена конференция под названием "Энергетическая безопасность на Кавказе" в рамках НАТО/ЕАСП. Объектами дискуссии были вопросы энергетической безопасности в регионе, а также проблемы окружающей среды.

Генеральный секретарь НАТО Лорд Дж. Робертсон 16-17-го января 2001 года находился с официальным визитом в Баку. Во время визита он провел встречи с Президентом Г. Алиевым, председателем Милли Меджлиса М. Алескеровым, Премьер-министром А. Расизаде, министром иностранных дел В. Кулиевым, министром обороны С. Абиевым. Генеральный секретарь выступил перед преподовательско-студенческим коллективом Бакинского Государственного Университета и был удостоен звания Почетного доктора БГУ.

21-22-го июня 2001 года в Баку был проведен совместный семинар правительств Азербайджана и Швейцарии под названием "Легкие и стрелковые оружия: практические мероприятия для осуществления текущих обязательств ОБСЕ и ЕАСП" с участием специальной рабочей группы по малым и стрелковым оружиям Евроатлантического Совета Партнерства. В семинаре принимали участие многочисленные представители государств-членов ОБСЕ, представители миссии ОБСЕ в Грузии и Молдове. Делегаты, участвовавшие в семинаре, охарактеризовали это мероприятие как основательное разрешение проблемы на региональном уровне перед семинаром ООН по НЕП. Этот семинар был введен в реестр мероприятий ООН.

12-13-го июня 2001 года успешно был проведен семинар под названием "Размещение на территориях спасательных групп во время природных и техногенных бедствий" с участием представителей партнеров и государств-участников НАТО в рамках НАТО/ЕАСП.

5-17-го ноября 2001 года в Баку были проведены командно-штабные учения "Cooperative Determination".

16-17-го ноября 2001 года в Баку был проведен семинар под названием "уроки, полученные от регионального сотрудничества на Балканах" в рамках НАТО/ЕАСП.

7-го февраля 2002 года Президент Азербайджанской Республики подписал Указ “об изменениях к Указу” Президента Азербайджанской Республики "о мерах по дальнейшему усилению сотрудничества Азербайджанской Республики и НАТО" от 14 ноября 1997 года.

17-18-го января 2002 года Президент Парламентской Ассамблеи НАТО Рафаэль Эстрада посетил Азербайджан. Во время визита он встретился с Президентом Республики Г. Алиевым, председателем Милли Меджлиса М. Алескеровым, министром иностранных дел В. Кулиевым.

7-8-го мая в Баку был проведен семинар в рамках НАТО/Комитет по Проблемам Современного Общества (КПСО) под названием "Экологические проблемы Каспийского моря". Во время семинара заместитель Генерального Секретаря НАТО по Науке и Экологии господин Ян Фюрне посетил Азербайджан. Во время визита Ян Фюрне встретился с Президентом Азербайджанской Республики Г. Алиевым, заместителем премьер-министра Я. Еюбовым, министром иностранных дел В. Кулиевым, министром экологии и природных ресурсов Х. Багировым, президентом Национальной Академии Наук М. Керимовым, министром образования М. Мардановым. В результате на семинаре был представлен краткосрочный специальный проект по Каспийскому морю.

27-28-го июня 2002 года в Баку был проведен семинар под названием "Угрозы региональному сотрудничеству на Южном Кавказе" в рамках НАТО/ЕАСП.

21-22-го ноября 2002 года в Праге был проведен саммит НАТО. На собрании принимала участие делегация Азербайджанской Республики во главе с Президентом Гейдаром Алиевым.

25-26-го ноября 2002 года представители Комитета по Планированию Гражданских Коммуникаций НАТО (эксперты из разных стран) посетили Азербайджанскую Республику с официальным визитом.

15-16-го мая 2003 года Генеральный Секретарь НАТО Дж. Робертсон посетил нашу республику и в течение визита он участвовал на заседании Комиссии по сотрудничеству с НАТО. Во время встречи председатель Комиссии, первый заместитель Премьер-министра Ю. Эюбов вручил Робертсону письмо, выражающее желание Азербайджана о присоединении к Операционному Плану по Индивидуальному Партнерству НАТО (ОПИП). Таким образом, Азербайджан является одним из первых государств, проявивших желание присоединиться к ОПИП.

Начиная с 5-го января новый Генеральный Секретарь НАТО Яап. Де Хооп Схеффер начал исполнять свои обязанности. Схеффер, который избран на 4 года Генеральным Секретарем, являлся по счету 11-м Генеральный Секретарем НАТО.

12-14-го января 2004 года в Баку была проведена первоначальная конференция по планированию учения НАТО под названием "Cooperative Best Effort". На конференции принимали участие представители около 30-ти стран НАТО/ЕАСП.

27-го января 2004 года была проведена учредительская встреча неправительственных организаций под названием "Евроатлантическая Организация Азербайджанской молодежи". На учредительской встрече этой организации, которая была создана молодыми выпускниками летней школы НАТО, принимали участие представители правительства, послы стран НАТО, аккредитованных в нашей стране (а также представители посольств) и представители средств массовой информации.

29-го марта 2004 года произошло очередное расширение НАТО. Таким образом, в соответствии с Пражским Саммитом 2002 года 7 Восточных и Юго-Восточных европейских стран (Латвия, Литва, Эстония, Словения, Словакия, Румыния, Болгария) были приняты в члены НАТО.

14-19-го июля, впервые в практике НАТО, в Баку была проведена "Неделя НАТО". В течение этой недели, которая проводилась с участием заместителя Генерального Секретаря НАТО по Общественной Дипломатии Яна Фурне и других представителей высокого уровня, в Баку было проведено заседание Научного Комитета НАТО, а также были проведены несколько семинаров и рабочих семинаров, связанных с наукой, организованы круглые столы и была проведена очередная Летняя Школа НАТО.

28-29-го июня 2004 года в Стамбуле с участием Президента Азербайджанской Республики Ильхама Алиева был проведен саммит НАТО.

26-29-го октября 2004 года делегация под руководством руководителя отдела Планирования Операционного Департамента НАТО Диего Руиза Палмера побывала в Азербайджане. Целью этой поездки являлась оценка процессов, существующих в стране в области управления Национального Кризиса, и предоставление рекомендаций.

28-29-го октября 2004 года в городе Баку было проведено собрание рабочей группы Специального Комитета НАТО в рамках Евроатлантического совета по партнерству.

4-5-го ноября 2004 года Генеральный Секретарь НАТО господин Яап Де Хооп Схеффер посетил Азербайджан с визитом. В рамках визита гость был принят Президентом Азербайджанской Республики господином Ильхамом Алиевым. Он также принял участие на собрании Комиссии по сотрудничеству Азербайджанской Республики и НАТО и встретился с министром иностранных дел господином Е. Мамедяровым. Генеральный Секретарь во время своего визита также встретился со студентами Бакинского Государственного Университета.

2-3-го февраля 2005 года в Баку был проведен семинар под названием "Экономика, Безопасность и Оборона - структурные реформы, включая аспекты безопасности макроэкономической стабилизации и управления существующими ресурсами для обороны" в рамках Евроатлантического совета по партнерству под председательством заместителя Генерального Секретаря НАТО Патрика Хардоу.

6-9-го февраля 2005 года специальный представитель Генерального Секретаря НАТО по Южному Кавказу и Средней Азии господин Р. Симонс посетил Азербайджанскую Республику. В составе делегации, посетившей нашу Республику, находился эксперт по связям Южного Кавказа и НАТО господин Рамулдас Разукс.

4-9-го апреля 2005 года Международный состав НАТО и состав делегации от Агентства по Материально-Техническому Снабжению и Обеспечению (NAMSA) посетили Азербайджан с целью оценки потребности ("feasibility study"). Во время визита члены делегации провели встречи в Национальном Агентстве Азербайджанской Республики по Очищению Территорий от Мин (ANAMA), которое занимается этим вопросом, и посетили Салоглы под руководством названного Агентства. Во время визита были проведены двухсторонние встречи с должностными лицами Азербайджанской Республики.